A Slovan a Napolit, a Spartát és a Young Boyst kapta

"Rendkívül közönségvonzó csoportba kerültünk - nyilatkozta a sorsolást követően Petr Kašpar, a pozsonyi klub vezérigazgatója. - Ott vannak a nápolyiak, soraikban Hamšíkkal, a Sparta ellen igazi cseh-szlovák rangadót játszunk, és van egy svájci ellenfelünk. Reméljük, ismét telt ház lesz a stadionunkban. Ezúttal több pontot szeretnénk szerezni, mint a legutóbbi EL-szereplésünkkor." Az égszínkékek az Európa Liga 2011/12-es idényében a PSG-vel, az Athletic Bilbaóval és a Red Bull Salzburggal szerepeltek egy csoportban, és egy ponttal a kvartett utolsó helyén végeztek.  A csoportok:
A csoport: Villarreal (spanyol), Borussia Mönchengladbach (német), Zürich (svájci), Apollon Limasszol (ciprusi)
B csoport: FC Köbenhavn (dán), FC Bruges (belga), Torino (olasz), HJK Helsinki (finn)
C csoport: Tottenham Hotspur (angol), Besiktas (török), Partizan (szerb), Aszterasz Tripolisz (görög)
D csoport: Red Bull Salzburg (osztrák), Celtic Glasgow (skót), Dinamo Zagreb (horvát), Astra (román)
E csoport: PSV Eindhoven (holland), Panathinaikosz (görög), Estoril (portugál), Dinamo Moszkva (orosz)
F csoport: Internazionale (olasz), Dnyipro Dnyipropetrovszk (ukrán), Saint-Etienne (francia), Qarabag (azeri)
G csoport: Sevilla (címvédő, spanyol), Standard Liege (belga), Feyenoord (holland), Rijeka (horvát)
H csoport: Lille (francia), Wolfsburg (német), Everton (angol), Krasznodar (orosz)
I csoport: SSC Napoli (olasz), Sparta Praha (cseh), Young Boys (svájci), Slovan Bratislava (szlovák)
J csoport: Dinamo Kijev (ukrán), Steaua Bucuresti (román), Rio Ave (portugál), Aalborg (dán)
K csoport: Fiorentina (olasz), PAOK (görög), Guingamp (francia), Dinamo Minszk (fehérorosz)
L csoport: Metaliszt Harkiv (ukrán), Trabzonspor (török), Legia Warszawa (lengyel), Lokeren (belga)